Они снова сражаются с преступниками из клана Футов и их главарем Шредером. Благодаря Эйприл О`Нил, профессору Джордану Пери и разносчику пиццы Кено черепашкам удается остановить распространение мутирующего вещества мутагена и спасти обитателей Нью-Йорка от ужасных мутантов